Ślady epidemii można znaleźć wszędzie np. w postaci kamiennych kolumn wotywnych stawianych na placach miast po zakończeniu zarazy. Określenia takie jak „morowy”, „trędowata” czy „zadżumiony” weszły do potocznego języka.

Niewiele wiadomo o epidemiach z czasów prasłowiańskich. Musiało do nich jednak dochodzić, skoro ówcześni wierzyli m.in. w demona Trzybka, który miał roznosić po świecie zarazy i morowe powietrze. W średniowieczu uważano, że za epidemie odpowiada gniew Boży, wpływ planet lub zwiastujące nieszczęścia komety. Rzeczywistymi przyczynami epidemii były tymczasem fatalne warunki sanitarne w miastach, skupienie wielu ludzi na małej powierzchni, migracje i szlaki handlowe oraz tradycja pochówku zmarłych na małych przykościelnych cmentarzach w obrębie murów. Rozkopując groby na nowe pochówki uwalniano w ten sposób bakterie.

Pierwszą wzmiankę o epidemiach – z roku 1003 i 1006 - można znaleźć w kronice Jana Długosza. „Głód, mór i zaraza okropne panowały tymi czasy nie tylko w Polsce, ale i w całym prawie świecie”. Później dżuma pojawiała się wielokrotnie - w roku 1186, 1283, 1307, 1360, 1383, 1451, 1497, 1542, 1573, 1663, 1680, 1720. W roku 1348 "morowa zaraza" zabrała (według ówczesnych kronik) jedną czwartą ludności Polski. Epidemie dżumy, cholery, ospy i innych, czasem niezidentyfikowanych chorób pojawiały się co kilka kilkanaście lat, czasem na określonym obszarze, a czasem w całym kraju lub na całym kontynencie. Pod koniec XV wieku w Krakowie epidemie dżumy zdarzały się co 2-3 lata, a nawet rok po roku. W latach 1500-1750 w Krakowie odnotowano 92 epidemie – najwięcej ze wszystkich polskich miast. W latach 1601-1650 epidemii w Krakowie było 19, a Warszawie – 33. Później zachorowania w obu miastach utrzymywały się na zbliżonym poziomie.

Epidemie sprzyjały patologicznym zachowaniom. W roku 1589 w Krakowie ścięto grabarza, który w czasie pomoru mordował ludzi.

Według Długosza po raz pierwszy polskie władze państwowe zaczęły zwalczać epidemie w roku 1472. Przykładem niewzruszoności władcy wobec zarazy był Władysław Warneńczyk, który w roku 1441, będąc także królem Węgier, nie opuścił pałacu w Budzie, mimo że „w komnatach królewskich codziennie z rana po kilku znajdowano umarłych”, a „podczas nabożeństwa ludzie padali na ziemie i w śmiertelnych drganiach życia dokonywali”.

Częste na polskich ziemiach wojny sprzyjały szerzeniu się chorób, choć niekoniecznie w oczywisty sposób. Na przykład pierwszy najazd Tatarów pod wodzą Bajdara (1241) pociągnął za sobą sprowadzenie w latach 1241-42 z Niemiec kupców, rzemieślników i... trądu.

Ożywione kontakty z cudzoziemcami sprawiły, że pierwszy oficjalnie odnotowany przypadek kiły pojawił się w Polsce już w roku 1495, czyli w dwa lata po powrocie Kolumba z pierwszej wyprawy do Ameryki, uznawanej powszechnie za "ojczyznę" tej choroby. Na kiłę chorowali m.in. Jan Olbracht, Stefan Batory i Jan III Sobieski i wśród europejskich monarchów nie byli pod tym względem wyjątkiem (wśród chorych znaleźli się też Iwan Groźny, Piotr Wielki). W zależności od kraju nazwę tej choroby łączono z różnymi krajami. We Włoszech i Niemczech była chorobą francuską (Morbus gallicus), we Francji - chorobą włoską lub angielską, w Holandii chorobą hiszpańską, a w Rosji - polską.

Wiek XIX przyniósł dużą zachorowalność na cholerę. Przypisuje się jej winę za śmierć Adama Mickiewicza, choć istnieje też teoria dotycząca jego otrucia.

I wojna światowa oprócz tyfusu i czerwonki, które dziesiątkowały zwłaszcza obozy jenieckie - przyniosła grypę hiszpankę, najbardziej zabójczą ze współczesnych epidemii. Według różnych specjalistów zabiła ona na całym świecie od 50 do nawet 100 milionów osób, a zachorowało około 500 milionów. Wbrew nazwie wirus został do Europy przeniesiony z USA przez żołnierzy amerykańskich udających się na front.

Podczas wojny polsko-bolszewickiej straty z powodu epidemii wśród jeńców rosyjskich w Polsce wyniosły około 20-25 tys. na ogółem 85 tys. Na terenie Rosji i Litwy w obozach jenieckich w tym okresie przebywało około 51 tys. żołnierzy polskich, w wyniku epidemii zmarło do 20 tys. spośród nich.

Jeszcze do połowy ubiegłego stulecia do najczęstszych chorób zakaźnych należał dur brzuszny – w latach 1919-1924 zabił prawie 10 tysięcy Polaków. Poprawa warunków sanitarnych oraz masowe szczepienia ograniczyły tę plagę. W 1948 roku zanotowano 7975 zachorowań i 478 zgonów. Jeszcze w latach 60. XX w. co roku zgłaszano w Polsce około 3 tys. zachorowań i kilkadziesiąt zgonów na dur brzuszny. Do 1976 roku prowadzono powszechne szczepienia wybranych grup dzieci i młodzieży. Obecnie dur jest w Polsce chorobą zanikającą.

Po II Wojnie Światowej dużym zagrożeniem były: gruźlica, dyfteryt czy polio, z czasem dzięki szczepionkom i antybiotykom sytuację udało się opanować. W latach 1957-58 pojawiła się pochodząca z Chin grypa azjatycka, w latach 1968-69 – grypa Hong-Kong, w 1977 roku - grypa rosyjska.

Sławną polską epidemią była wrocławska ospa z roku 1963 – ostatnia w Polsce i jedna z ostatnich w Europie epidemia ospy prawdziwej. Latem przywlókł ją z Azji (jedne źródła mówią o Indiach, inne o Birmie i Wietnamie) Bonifacy Jedynak, oficer Służby Bezpieczeństwa. Zachorowało 99 osób (głównie personelu medycznego), z których siedem zmarło. Miasto zostało na kilka tygodni sparaliżowane i odcięte od reszty kraju kordonem sanitarnym. Zaszczepiono 98 proc. ludności Wrocławia. Osoby podejrzane o kontakt z chorymi umieszczano w izolatoriach. Mimo to ospa przedostała się do pięciu innych województw, nie wywołując tam jednak epidemii. WHO przewidywała, że epidemia ta potrwa 2 lata, zachoruje 2000 osób i umrze 200. Tymczasem wygasła po 25 dniach od jej wykrycia.