Akceptuję
W ramach naszej witryny stosujemy pliki cookies w celu świadczenia państwu usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczone w Państwa urządzeniu końcowym. Możecie Państwo dokonać w każdym czasie zmiany ustawień dotyczących cookies. Więcej szczegółów w naszej Polityce Prywatności

Zamknij X

Naukowy styl życia

Nauka i biznes

Strona główna Informacje
Dodatkowy u góry
Labro na dole

Sekwencjonowanie wirusa SARS-CoV-2

Poznanie budowy genetycznej wirusa SARS-CoV-2 i określenie jego mutacji to pracochłonny i żmudny proces-oceniła kierownik Laboratorium Badań Epidemiologiczno-Klinicznych w Olsztynie Sylwia Krzętowska. W Olsztynie sekwenator nanoporowy, czyli urządzenie do sekwencjonowania kwasów nukleinowych, bada próbki pochodzące z czterech województw.

Do olsztyńskiego laboratorium przyjmowane są próbki z województw: warmińsko-mazurskiego, kujawsko -pomorskiego, pomorskiego i podlaskiego.

Jak wyjaśniła mgr Sylwia Krzętowska, proces sekwencjonowania wirusa rozpoczyna się od dostarczenia próbki z materiałem od pacjenta (po badaniu PCR) z laboratorium covidowego. Nie każda próbka z wynikiem dodatnim nadaje się do sekwencjonowania. Podstawowym kryterium, które wskazuje na przydatność próbki, jest dostateczna ilość RNA wirusa.

"Sekwencjonowanie to jest badanie, które ma swój schemat postępowania. Trzeba wykonać określone czynności zmierzające do tego, by wyizolować materiał genetyczny wirusa. Czas ich trwania to ok. 2,5 dnia" - podkreśliła.

"Najpierw trzeba oczyścić próbkę, tak by w pozostał w niej wyłącznie materiał genetyczny wirusa SARS-CoV-2. Nasze gardło nie jest miejscem jałowym. Wiadomo, że gdy pobierany jest wymaz, to zawiera on komórki ludzkiego nabłonka, naszego DNA oraz DNA i RNA innych drobnoustrojów, które występują w drogach oddechowych. Oczyszczanie próbki zatem jest procesem wieloetapowym, długotrwałym i odbywa się manualnie" - wyjaśniła kierownik olsztyńskiego laboratorium.

Następnie tak oczyszczona próbka poddawana jest reakcji sekwencjonowania w sekwenatorze. "W olsztyńskim laboratorium prowadzimy sekwencjonowanie nanoporowe metodą opracowaną przez Uniwersytet Oksfordzki. Polega ona na zastosowaniu na specjalnej płytce błony z nanoporami. Podzielone fragmenty materiału genetycznego wirusa SARS-CoV-2 przechodzą przez nanopory w błonie i dzięki zachodzącym procesom elektrochemicznym można odczytać, z jakich kolejnych nukleotydów zbudowany jest genom wirusa" - opisała Sylwia Krzętowska.

Sekwencjonowanie w obrębie aparatu trwa ok. 72 godzin. Można ten czas skrócić do 48 godzin, pod warunkiem że będziemy mieli już dostatecznie dużo odczytanych sekwencji genomu badanego wirusa - dodała specjalistka.

Wskazała, że gdy uzyska się już określony ciąg nukleotydów dla danej próby, to sekwencja umieszczana jest w międzynarodowej bazie GISAID, która weryfikuje jej podobieństwo do wyjściowego wariantu wirusa z Wuhan. Wówczas określany jest ostatecznie wariant wirusa i rodzaj mutacji, zaznaczyła. Może to być m.in. wariant Alfa (brytyjski), Beta (południowoafrykański), Gamma (brazylijski) czy Delta (indyjski).

Duże znaczenie w sekwencjonowaniu nanoporowym odgrywają systemy komputerowe, które umożliwiają zbieranie bardzo dużej liczby danych. "Każdy fragment RNA wirusa odczytywany jest około 20 razy. Chodzi o to, by uzyskać wystarczającą liczbę powtórzeń sekwencji. Zatem potrzebne są duże moce obliczeniowe komputerów" - tłumaczyła Krzętowska.

Przypomniała, że cechą koronawirusów jest to, że cały czas mutują. Większość zmian jest niegroźna, natomiast niektóre powodują powstanie określonych mutacji groźnych dla ludzi.

Niebezpieczne - alertowe wirusy charakteryzują się większą zakaźnością, mogą mieć wpływ na ciężki przebieg choroby. Niebezpieczne mutacje to też takie, które powodują, że wirus staje się odporny na szczepienie i na dotychczas stosowane leki dopuszczone do terapii.

Pytana, czy tak długotrwały proces sekwencjonowania nie spowoduje, że laboratorium w przypadku czwartej fali pandemii może być niewydolne, Krzętowska odpowiedziała, że nie ma potrzeby badania wszystkich prób.

"Obecnie badamy wszystkie próby, bo jest mało zakażeń. Według zaleceń organizacji międzynarodowych WHO i ECDC należy badać od 5 do 10 procent prób dodatnich w kierunku SARS-CoV-2. Jeśli wiemy, że ognisko zakażeń występuje w rodzinie zamieszkującej wspólnie, to nie ma potrzeby badania wszystkich członków rodziny. Podobnie jest w przypadku wystąpienia ogniska w zakładzie pracy. Duże jest prawdopodobieństwo, w tych ogniskach wystąpi taki sam wariant wirusa" - opisała.

Podobnie było w przypadku wariantu brytyjskiego, który w pewnym momencie zaczął dominować nad innymi wariantami i stanowił w zależności od województwa nawet 97-98 proc. występujących wówczas wariantów wirusa SARS-CoV-2.

Źródło: pap.pl


Drukuj PDF
wstecz Podziel się ze znajomymi

Recenzje




Informacje dnia: Leczenie glejaka przez zamianę jego komórek w neurony Sztuczna inteligencja pomoże w walce z rakiem prostaty Młodzi Polacy z ośmioma nagrodami EUCYS Salamanka za badania naukowe Superbohater w laboratorium Eksperci apelują o jednoczesne szczepienie przeciwko grypie i COVID-19 Uruchomiono nową aplikację programu Erasmus Plus Leczenie glejaka przez zamianę jego komórek w neurony Sztuczna inteligencja pomoże w walce z rakiem prostaty Młodzi Polacy z ośmioma nagrodami EUCYS Salamanka za badania naukowe Superbohater w laboratorium Eksperci apelują o jednoczesne szczepienie przeciwko grypie i COVID-19 Uruchomiono nową aplikację programu Erasmus Plus Leczenie glejaka przez zamianę jego komórek w neurony Sztuczna inteligencja pomoże w walce z rakiem prostaty Młodzi Polacy z ośmioma nagrodami EUCYS Salamanka za badania naukowe Superbohater w laboratorium Eksperci apelują o jednoczesne szczepienie przeciwko grypie i COVID-19 Uruchomiono nową aplikację programu Erasmus Plus

Partnerzy

GoldenLine Fundacja Kobiety Nauki Job24 Obywatele Nauki NeuroSkoki Portal MaterialyInzynierskie.pl Uni Gdansk MULTITRAIN I MULTITRAIN II Nauki przyrodnicze KOŁO INZYNIERÓW PB ICHF PAN FUNDACJA JWP NEURONAUKA Mlodym Okiem Polski Instytut Rozwoju Biznesu Analityka Nauka w Polsce CITTRU - Centrum Innowacji, Transferu Technologii i Rozwoju Uniwersytetu Akademia PAN Chemia i Biznes Farmacom Świat Chemii Forum Akademickie Biotechnologia     Bioszkolenia Geodezja Instytut Lotnictwa EuroLab

Szanowny Czytelniku!

 
25 maja 2018 roku zacznie obowiązywać Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r (RODO). Potrzebujemy Twojej zgody na przetwarzanie Twoich danych osobowych przechowywanych w plikach cookies. Poniżej znajdziesz pełny zakres informacji na ten temat.
 
Zgadzam się na przechowywanie na urządzeniu, z którego korzystam tzw. plików cookies oraz na przetwarzanie moich danych osobowych pozostawianych w czasie korzystania przeze mnie ze strony internetowej Laboratoria.net w celach marketingowych, w tym na profilowanie i w celach analitycznych.

Kto będzie administratorem Twoich danych?

Administratorami Twoich danych będziemy my: Portal Laboratoria.net z siedzibą w Krakowie (Grupa INTS ul. Czerwone Maki 55/25 30-392 Kraków).

O jakich danych mówimy?

Chodzi o dane osobowe, które są zbierane w ramach korzystania przez Ciebie z naszych usług w tym zapisywanych w plikach cookies.

Dlaczego chcemy przetwarzać Twoje dane?

Przetwarzamy te dane w celach opisanych w polityce prywatności, między innymi aby:

Komu możemy przekazać dane?

Zgodnie z obowiązującym prawem Twoje dane możemy przekazywać podmiotom przetwarzającym je na nasze zlecenie, np. agencjom marketingowym, podwykonawcom naszych usług oraz podmiotom uprawnionym do uzyskania danych na podstawie obowiązującego prawa np. sądom lub organom ścigania – oczywiście tylko gdy wystąpią z żądaniem w oparciu o stosowną podstawę prawną.

Jakie masz prawa w stosunku do Twoich danych?

Masz między innymi prawo do żądania dostępu do danych, sprostowania, usunięcia lub ograniczenia ich przetwarzania. Możesz także wycofać zgodę na przetwarzanie danych osobowych, zgłosić sprzeciw oraz skorzystać z innych praw.

Jakie są podstawy prawne przetwarzania Twoich danych?

Każde przetwarzanie Twoich danych musi być oparte na właściwej, zgodnej z obowiązującymi przepisami, podstawie prawnej. Podstawą prawną przetwarzania Twoich danych w celu świadczenia usług, w tym dopasowywania ich do Twoich zainteresowań, analizowania ich i udoskonalania oraz zapewniania ich bezpieczeństwa jest niezbędność do wykonania umów o ich świadczenie (tymi umowami są zazwyczaj regulaminy lub podobne dokumenty dostępne w usługach, z których korzystasz). Taką podstawą prawną dla pomiarów statystycznych i marketingu własnego administratorów jest tzw. uzasadniony interes administratora. Przetwarzanie Twoich danych w celach marketingowych podmiotów trzecich będzie odbywać się na podstawie Twojej dobrowolnej zgody.

Dlatego też proszę zaznacz przycisk "zgadzam się" jeżeli zgadzasz się na przetwarzanie Twoich danych osobowych zbieranych w ramach korzystania przez ze mnie z portalu *Laboratoria.net, udostępnianych zarówno w wersji "desktop", jak i "mobile", w tym także zbieranych w tzw. plikach cookies. Wyrażenie zgody jest dobrowolne i możesz ją w dowolnym momencie wycofać.
 
Więcej w naszej POLITYCE PRYWATNOŚCI
 

Newsletter

Zawsze aktualne informacje