Akceptuję
W ramach naszej witryny stosujemy pliki cookies w celu świadczenia państwu usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczone w Państwa urządzeniu końcowym. Możecie Państwo dokonać w każdym czasie zmiany ustawień dotyczących cookies. Więcej szczegółów w naszej Polityce Prywatności

Zamknij X
FMM

Naukowy styl życia

Nauka i biznes

Strona główna Informacje
Dodatkowy u góry
Labro na dole

Światowy sukces polskich naukowców w modelowaniu białek

Wyróżnieni naukowcy to: prof. Andrzej Koliński z Wydziału Chemii UW, dr Krzysztof Ginalski z Interdyscyplinarnego Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW i BioInfoBank Institute i dr Janusz Bujnicki z Międzynarodowego Instytutu Biologii Molekularnej i Komórkowej.

Zbadanie przestrzennej struktury jak największej liczby białek ma nie tylko znaczenie czysto poznawcze, ale otwiera nieograniczone pole zastosowań praktycznych, wśród których najważniejsze wydaje się projektowanie leków - powiedział w rozmowie z PAP dr Krzysztof Ginalski, który po raz drugi został nieoficjalnym liderem tegorocznej edycji konkursu CASP.

Białka, obok wody, stanowią podstawowy budulec ludzkiego organizmu. Są one polimerami złożonymi z aminokwasów, których jest ponad 20 rodzajów, połączonych w ciągłą nić.

Jak mówi prof. Lucjan Piela z Wydziału Chemii UW, poznanie trówymiarowej budowy białek, tzn. sposobu zwinięcia się nici białka do pewnego unikatowego kształtu w przestrzeni jest absolutnie niezbędne do poznania roli, jaką to białko spełnia w organizmie. "Tylko ten określony kształt wykazuje działanie biologicznie poprawne" - powiedział w rozmowie z PAP prof. Piela.

Struktury przestrzenne białek można zbadać doświadczalnie, przy użyciu krystalografii lub metody magnetycznego rezonansu jądrowego. "W krystalografii naświetla się kryształ białka promieniami rentgenowskimi" - mówi dr Krzysztof Ginalski. "Z ugięcia się tych promieni na atomach kryształu można określić, jaką strukturę ma badane białko" - dodaje.

Badanie struktury białek metodami doświadczalnymi jest jednak bardzo czasochłonne i drogie - określenie sposobu przestrzennego ułożenia się sekwencji aminokwasów może potrwać niekiedy nawet kilka lat. Do tej pory naukowcom udało się doświadczalnie poznać budowę przestrzenną około 20 tys. białek i określić ponad 2 mln sekwencji białkowych.

Pomocne okazują się tu metody teoretyczne, tzw. modelowanie komputerowe. Wykorzystywane do tego celu programy pozwalają znacznie szybciej, często w ciągu kilku godzin, na zaproponowanie sposobu zwinięcia się nici wybranych sekwencji aminokwasów.

Poligonem badawczym, na którym sprawdza się aktualne umiejętności badawcze specjalistów od zwijania białek - biologów, fizyków, chemików czy informatyków, jest organizowany co dwa lata w Stanach Zjednoczonych konkurs CASP.

"Konkurs organizowany przez Protein Structure Prediction Center w Lawrence Livermore National Laboratory w Kalifornii, ma na celu sprawdzenie poprawności różnych metod teoretycznych starających się przewidzieć strukturę białka" - mówi dr Ginalski.

Organizatorzy ogłaszają kilkadziesiąt sekwencji białek, których struktury przestrzenne zostały już wcześniej poznane w wyniku prac doświadczalnych prowadzonych przez zespoły badawcze. Struktury te nie są jednak publikowane do czasu zakończenia konkursu.

Zadaniem uczestników konkursu jest zaproponowanie dla podanych sekwencji aminokwasów ich struktur przestrzennych za pomocą symulacji komputerowej.

W trwającym w tym roku trzy miesiące konkursie uczestnikom zaproponowano 87 sekwencji białek. Wystartowało około 250 grup badawczych z całego świata, m.in. z Europy, Japonii, Chin czy Stanów Zjednoczonych.

W pierwszym konkursie, zorganizowanym w 1994 roku, uczestniczyło 35 grup badawczych, które zmagały się z odgadnięciem struktury przestrzennej 33 białek. Zawody w zwijaniu białek cieszą się dużym zainteresowaniem i z konkursu na konkurs liczba uczestników stale rośnie.

O prestiżu konkursu świadczy zdaniem prof. Pieli m.in. fakt, że obecnie w Stanach Zjednoczonych nikt nie dostanie grantu na badania nad strukturą białek, jeśli nie wykaże się odpowiednią pozycją w tym konkursie.

PAP, MD, ONET

Drukuj PDF
wstecz Podziel się ze znajomymi

Recenzje




Informacje dnia: Jazda na rolkach - Czy jest dobrym sportem? Polimer o właściwościach przeciwgrzybiczych Stypendia ministra nauki dla niemal 400 studentów Skuteczniejsze leczenie chorych na nowotwory krwi Tylko 36% transgranicznych wód podziemnych ma ochronę Technologia ultradźwiękowa w diagnostyce chorób Jazda na rolkach - Czy jest dobrym sportem? Polimer o właściwościach przeciwgrzybiczych Stypendia ministra nauki dla niemal 400 studentów Skuteczniejsze leczenie chorych na nowotwory krwi Tylko 36% transgranicznych wód podziemnych ma ochronę Technologia ultradźwiękowa w diagnostyce chorób Jazda na rolkach - Czy jest dobrym sportem? Polimer o właściwościach przeciwgrzybiczych Stypendia ministra nauki dla niemal 400 studentów Skuteczniejsze leczenie chorych na nowotwory krwi Tylko 36% transgranicznych wód podziemnych ma ochronę Technologia ultradźwiękowa w diagnostyce chorób

Partnerzy

GoldenLine Fundacja Kobiety Nauki Job24 Obywatele Nauki NeuroSkoki Portal MaterialyInzynierskie.pl Uni Gdansk MULTITRAIN I MULTITRAIN II Nauki przyrodnicze KOŁO INZYNIERÓW PB ICHF PAN FUNDACJA JWP NEURONAUKA Mlodym Okiem Polski Instytut Rozwoju Biznesu Analityka Nauka w Polsce CITTRU - Centrum Innowacji, Transferu Technologii i Rozwoju Uniwersytetu Akademia PAN Chemia i Biznes Farmacom Świat Chemii Forum Akademickie Biotechnologia     Bioszkolenia Geodezja Instytut Lotnictwa EuroLab

Szanowny Czytelniku!

 
25 maja 2018 roku zacznie obowiązywać Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r (RODO). Potrzebujemy Twojej zgody na przetwarzanie Twoich danych osobowych przechowywanych w plikach cookies. Poniżej znajdziesz pełny zakres informacji na ten temat.
 
Zgadzam się na przechowywanie na urządzeniu, z którego korzystam tzw. plików cookies oraz na przetwarzanie moich danych osobowych pozostawianych w czasie korzystania przeze mnie ze strony internetowej Laboratoria.net w celach marketingowych, w tym na profilowanie i w celach analitycznych.

Kto będzie administratorem Twoich danych?

Administratorami Twoich danych będziemy my: Portal Laboratoria.net z siedzibą w Krakowie (Grupa INTS ul. Czerwone Maki 55/25 30-392 Kraków).

O jakich danych mówimy?

Chodzi o dane osobowe, które są zbierane w ramach korzystania przez Ciebie z naszych usług w tym zapisywanych w plikach cookies.

Dlaczego chcemy przetwarzać Twoje dane?

Przetwarzamy te dane w celach opisanych w polityce prywatności, między innymi aby:

Komu możemy przekazać dane?

Zgodnie z obowiązującym prawem Twoje dane możemy przekazywać podmiotom przetwarzającym je na nasze zlecenie, np. agencjom marketingowym, podwykonawcom naszych usług oraz podmiotom uprawnionym do uzyskania danych na podstawie obowiązującego prawa np. sądom lub organom ścigania – oczywiście tylko gdy wystąpią z żądaniem w oparciu o stosowną podstawę prawną.

Jakie masz prawa w stosunku do Twoich danych?

Masz między innymi prawo do żądania dostępu do danych, sprostowania, usunięcia lub ograniczenia ich przetwarzania. Możesz także wycofać zgodę na przetwarzanie danych osobowych, zgłosić sprzeciw oraz skorzystać z innych praw.

Jakie są podstawy prawne przetwarzania Twoich danych?

Każde przetwarzanie Twoich danych musi być oparte na właściwej, zgodnej z obowiązującymi przepisami, podstawie prawnej. Podstawą prawną przetwarzania Twoich danych w celu świadczenia usług, w tym dopasowywania ich do Twoich zainteresowań, analizowania ich i udoskonalania oraz zapewniania ich bezpieczeństwa jest niezbędność do wykonania umów o ich świadczenie (tymi umowami są zazwyczaj regulaminy lub podobne dokumenty dostępne w usługach, z których korzystasz). Taką podstawą prawną dla pomiarów statystycznych i marketingu własnego administratorów jest tzw. uzasadniony interes administratora. Przetwarzanie Twoich danych w celach marketingowych podmiotów trzecich będzie odbywać się na podstawie Twojej dobrowolnej zgody.

Dlatego też proszę zaznacz przycisk "zgadzam się" jeżeli zgadzasz się na przetwarzanie Twoich danych osobowych zbieranych w ramach korzystania przez ze mnie z portalu *Laboratoria.net, udostępnianych zarówno w wersji "desktop", jak i "mobile", w tym także zbieranych w tzw. plikach cookies. Wyrażenie zgody jest dobrowolne i możesz ją w dowolnym momencie wycofać.
 
Więcej w naszej POLITYCE PRYWATNOŚCI
 

Newsletter

Zawsze aktualne informacje