W projekcie nowelizacji ustawy o Polskiej Akademii Nauk, przygotowanym przez resort nauki, zaproponowano, aby nadzór nad PAN przeszedł z premiera na ministra nauki. W związku z tym uchwalenie statutu PAN oraz jego zmian przez Zgromadzenie Ogólne PAN będzie wymagało wcześniejszego zatwierdzenia przez ministra. Minister będzie też mógł uchylić uchwałę organów PAN niedotyczącą prowadzenia badań naukowych i prac rozwojowych w przypadku stwierdzenia jej niezgodności z przepisami ustawy lub statutem PAN.

Minister nauki, po zasięgnięciu opinii premiera, będzie powoływał Kanclerza PAN, a także (z własnej inicjatywy albo na wniosek Prezesa PAN) odwoływał go z funkcji "jeżeli audyt zewnętrzny lub państwowe organy kontroli stwierdzą naruszenie prawa przez Kanclerza" - czytamy na stronie KPRM. Przewiduje się, że prezes PAN będzie zlecał raz na dwa lata przeprowadzenie audytu zewnętrznego działalności Kancelarii PAN, która sprawuje obsługę administracyjną PAN.

Projekt ustawy przewiduje także zmiany w zakresie struktury organizacyjnej PAN. Do składu Zgromadzenia Ogólnego PAN zostaną włączeni dziekani wydziałów, dyrektorzy instytutów naukowych i członkowie akademii młodych uczonych. Do Prezydium PAN zaproponowano z kolei włączenie dodatkowo dziekanów wydziałów, 16 członków krajowych, przewodniczącego akademii młodych uczonych, po 4 dyrektorów instytutów z każdego wydziału PAN.

Projekt ustawy wprowadza też zmiany struktury organizacyjnej wydziałów PAN. Dziekan i wicedziekan wydziału będą wybierani na 4 lata - spośród członków PAN wchodzących w skład wydziału - zwykłą większością głosów. Wiceprezes akademii co najmniej raz w roku przeprowadzi ocenę działalności wydziału. Jej wynik będzie przekazany prezesowi PAN wraz ze stanowiskiem Prezydium PAN. W przypadku oceny negatywnej wiceprezes PAN będzie mógł złożyć wniosek o odwołanie ze stanowiska dziekana ocenianego wydziału.

Projekt ustawy przewiduje likwidację rad kuratorów i wprowadza na ich miejsce rady wydziałów. Do zadań rad wydziału będzie należało m.in. przeprowadzanie co najmniej raz w roku oceny instytutów objętych zakresem działania wydziału; występowanie do Prezesa PAN z wnioskami o utworzenie, połączenie, podział, reorganizację, przekształcenie albo likwidację instytutu lub jednostki organizacyjnej PAN objętych zakresem działania wydziału; przeprowadzanie konkursów na stanowisko dyrektora instytutu objętego zakresem działania wydziału, w tym powoływanie komisji konkursowej; dokonywanie oceny komitetów naukowych działających przy wydziale.

Nowelizacja ustawy zakłada również zmianę składu osobowego prezydium oddziału. W skład prezydium oddziału wejdą: prezes oddziału, jego zastępca oraz 3 osoby wybrane przez członków krajowych i członków akademii młodych uczonych wchodzących w skład danego oddziału.

Projekt przewiduje zwiększenie składu Akademii Młodych Uczonych z 10 proc. do 20 proc. maksymalnej liczby członków krajowych PAN. Przewiduje się też powiększenie składu komitetów naukowych o członków akademii młodych uczonych, zgodnie z reprezentowaną przez nich dyscypliną naukową. Działalność komitetu naukowego będzie podlegała ocenie co najmniej raz na dwa lata.

Dyrektorów instytutów naukowych będzie powoływał prezes PAN, a o przedłużeniu kadencji i odwołaniu dyrektora instytutu naukowego zdecyduje Prezydium PAN. "Ma to na celu zdemokratyzowanie i wzmocnienie pozycji dyrektora instytutu naukowego PAN" - napisano w wykazie.

Projekt ustawy zakłada, jak czytamy w wykazie, że dyrektor instytutu naukowego na dokonanie czynności prawnych dotyczących składników aktywów trwałych instytutu, w zakresie komercjalizacji wyników badań naukowych, prac rozwojowych oraz know-how związanego z tymi wynikami, będzie musiał uzyskać – obok zgody Prezydium PAN – zgodę ministra, a nie, jak dotąd, prezesa.

Według projektu minister nauki może zdecydować o likwidacji instytutu. Dojdzie do tego w przypadku otrzymania przez instytut kategorii naukowej C w wyniku ewaluacji (przewidzianej przez Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce).

Zmiany mają dotyczyć statusu członka PAN. Obecnie członkowie krajowi PAN mają status członków korespondentów i członków rzeczywistych. Planuje się ujednolicenie tej kategorii - obok członków zagranicznych PAN. Członkiem krajowym i członkiem-seniorem będzie mogła zostać jedynie osoba posiadająca obywatelstwo polskie.

Kolejną proponowaną zmianą jest podniesienie progu wiekowego do otrzymania statusu członka-seniora: z 70 lat - do 75 lat. Członkowie-seniorzy będą mogli brać udział w pracach PAN, mając w wielu przypadkach jedynie głos doradczy.

Na stronie KPRM poinformowano, że projekt ustawy przewiduje "zmiany o charakterze lex specialis w stosunku do przepisów ustawy z dnia 16 grudnia 2016 r. o zasadach zarządzania mieniem państwowym w zakresie zarządzania mieniem PAN, w celu unormowania i ujednolicenia polityki nadzoru nad PAN. Przewiduje się, że dokonanie przez Kanclerza PAN czynności prawnej w zakresie rozporządzenia składnikami aktywów trwałych PAN w rozumieniu ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości zaliczonymi do wartości niematerialnych i prawnych, rzeczowych aktywów trwałych lub inwestycji długoterminowych, w tym wniesienia ich jako wkładu do spółki lub spółdzielni, jeżeli wartość rynkowa tych składników przekracza 500 000 zł", będzie wymagało zgody ministra (w kwestii majątku o wartości do miliona zł) i prezesa Prokuratorii Generalnej RP (PG RP) (jeżeli wartość rynkowa składników aktywów trwałych przekroczy milion zł).

Projekt ustawy obejmuje również zmiany w zakresie finansów PAN.

Obecnie działalność PAN jest finansowana ze środków z budżetu państwa i z innych źródeł. Środki z budżetu państwa są klasyfikowane w dziale Szkolnictwo wyższe i nauka, i ujmowane w wyodrębnionej części budżetu państwa – Polska Akademia Nauk, której dysponentem jest minister. Prezes PAN dysponuje natomiast budżetem PAN. Proponuje się też "doprecyzowanie zasad współpracy PAN z ministrem w zakresie prac nad projektem planu finansowego PAN".

Zmiany w prawie dotyczącym funkcjonowania PAN minister Dariusz Wieczorek zapowiadał od objęcia urzędu w grudniu 2023. Podczas Zgromadzenia Ogólnego PAN 20 czerwca Wieczorek poinformował, iż przekazał do rządowego wykazu prac legislacyjnych projekty dwóch ustaw, m.in. nowelizacji ustawy o PAN. Podczas tego spotkania władze akademii zwracały uwagę, że jako główni zainteresowani nie znają treści projektu, a chcieliby brać udział w pracach nad nim "przy otwartej kurtynie".

Polska Akademia Nauk jest stopniowo reformowana od początku lat 90. ub. w. Ostatnią reformę tej instytucji przeprowadzono w 2010 r. O potrzebie dużej reformy akademii od lat mówią jej władze i pracownicy, a także resort nauki, uzależniając od tego długofalowe zwiększenie finansowania akademii. W ostatnich latach powstało kilka projektów reformy PAN: kompleksowy projekt ustawy przygotowany przez Akademię (który trafił do resortu nauki w końcu marca 2023 r.), projekt stworzony przez instytuty PAN (tzw. projekt PIN PAN - Porozumienia Instytutów Naukowych Polskiej Akademii Nauk). Kolejny projekt opracowywał resort nauki za czasów ministra Przemysława Czarnka.