Akceptuję
W ramach naszej witryny stosujemy pliki cookies w celu świadczenia państwu usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczone w Państwa urządzeniu końcowym. Możecie Państwo dokonać w każdym czasie zmiany ustawień dotyczących cookies. Więcej szczegółów w naszej Polityce Prywatności

Zamknij X
BioSzkolenia
Strona główna Przemysł
Dodatkowy na dole

KLAST – nowa, wysoce efektywna technologia porównywania sekwencji biologicznych

Firma Korilog oferuje nową technologię pod nazwą KLAST, będącą efektem współpracy z zespołem badawczym Genscale z ośrodka Inria w Rennes. Atutem tej technologii jest bardzo szybkie i jednocześnie precyzyjne wyszukiwanie podobieństw sekwencji biologicznych (DNA, RNA, białek), opracowane specjalnie na potrzeby przetwarzania dużych ilości danych generowanych przez sekwencjonatory nowej generacji (Next Generation Sequencing).

« Kluczową kwestią w badaniach podobieństw pomiędzy bankami sekwencji jest znaczące skrócenie czasu ich wykonywania, przy jednoczesnym utrzymaniu wysokiej jakości uzyskiwanych danych » - wyjaśnia Patrick Durand, dyrektor firmy Korilog. « Technologia KLAST nie tylko realizuje te obydwa cele, ale też jej innowacyjne wdrażanie uwzględnia istniejącą infrastrukturę informatyczną laboratoriów. Pozwala bowiem uzyskać przyspieszenie obróbki danych bez potrzeby używania dodatkowych urządzeń peryferyjnych, ponieważ w pełni wykorzystuje dostępne procesory wielordzeniowe zainstalowane w zwykłych komputerach biurowych lub węzłach klastrów komputerowych». Sprawność rozwiązania KLASTp osiągnęła poziom 24-krotnego przyspieszenia w stosunku do referencyjnego narzędzia BLASTp. Wyniki te uzyskano dzięki zastosowaniu dwóch algorytmów na ośmiu rdzeniach komputera Apple Mac Pro, podczas porównywania 2 327 białek gatunku topoli czarnej (Populus trichocarpa) z 2,9 mln białek z banku danych NCBI RefSeq. W porównaniu do takich rozwiązań jak BLAST i SSearch, KLAST jest równie czułym i selektywnym narzędziem, jak te referencyjne rozwiązania.

Dla Dominique’a Lavenier, szefa zespołu badawczego Genscale, transfer rozwiązania KLAST do zaawansowanej technologicznie spółki, jaką jest Korilog, jest satysfakcjonującym i ważnym etapem dla jego ekipy. Jak mówi : « KLAST przyczynia się bezpośrednio do postępu w rozwijających się dziedzinach nauk biologicznych, począwszy od ochrony zdrowia aż po rolnictwo i ochronę środowiska, a komentarze końcowych użytkowników zachęcają do przyjęcia technologii KLAST jako wiodącej pod względem technologicznym przy intensywnym porównywaniu sekwencji ».

W celu zapewnienia użytkownikom zaawansowanej platformy do badania podobieństw sekwencji, wyszukiwarka KLAST została zintegrowana z pakietem oprogramowania graficznego ngKLAST firmy Korilog, a także - jako plugin - rozszerzyła platformę analizy danych KNIME. W efekcie, użytkownicy korzystają zarówno z akceleratora KLAST, jak i z zaawansowanych funkcji analizy danych obydwu platform hostingowych, KNIME lub ngKLAST. Dzięki tym rozwiązaniom software’owym, wykorzystywanie technologii KLAST możliwe jest zarówno poprzez wiersz poleceń, jak i za pośrednictwem bogatych interfejsów graficznych, od indywidualnego stanowiska pracy aż po centra obliczeniowy dużych ośrodków badawczych.

Dziedziny zastosowań tej nowej technologii obejmują wszelkie aspekty porównywania wielkich ilości sekwencji na potrzeby ochrony zdrowia, przemysłu spożywczego, obrony biologicznej, ochrony środowiska oraz biotechnologii.

Źródło: www.farmacom.com.pl






Tagi: sekwencja, DNA, RNA, technologia, bank danych, lab, laboratorium, akcelerator, platforma
Drukuj PDF
wstecz Podziel się ze znajomymi

Informacje dnia: Nagroda NCN zostanie wręczona po raz szósty Aspiryna na serce nie dla każdego Czujnik optyczny wykrywa sepsę w pół godziny Przełom w diagnostyce kardiologicznej Drukowane ogniwa słoneczne rewolucjonizują produkcję elektroniki Egzoszkielety pomagają uzyskać nadludzkie siły Nagroda NCN zostanie wręczona po raz szósty Aspiryna na serce nie dla każdego Czujnik optyczny wykrywa sepsę w pół godziny Przełom w diagnostyce kardiologicznej Drukowane ogniwa słoneczne rewolucjonizują produkcję elektroniki Egzoszkielety pomagają uzyskać nadludzkie siły Nagroda NCN zostanie wręczona po raz szósty Aspiryna na serce nie dla każdego Czujnik optyczny wykrywa sepsę w pół godziny Przełom w diagnostyce kardiologicznej Drukowane ogniwa słoneczne rewolucjonizują produkcję elektroniki Egzoszkielety pomagają uzyskać nadludzkie siły

Partnerzy

GoldenLine Fundacja Kobiety Nauki Job24 Obywatele Nauki NeuroSkoki Portal MaterialyInzynierskie.pl Uni Gdansk MULTITRAIN I MULTITRAIN II Nauki przyrodnicze KOŁO INZYNIERÓW PB ICHF PAN FUNDACJA JWP NEURONAUKA Mlodym Okiem Polski Instytut Rozwoju Biznesu Analityka Nauka w Polsce CITTRU - Centrum Innowacji, Transferu Technologii i Rozwoju Uniwersytetu Akademia PAN Chemia i Biznes Farmacom Świat Chemii Forum Akademickie Biotechnologia     Geodezja Instytut Lotnictwa EuroLab

Szanowny Czytelniku!

 
25 maja 2018 roku zacznie obowiązywać Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r (RODO). Potrzebujemy Twojej zgody na przetwarzanie Twoich danych osobowych przechowywanych w plikach cookies. Poniżej znajdziesz pełny zakres informacji na ten temat.
 
Zgadzam się na przechowywanie na urządzeniu, z którego korzystam tzw. plików cookies oraz na przetwarzanie moich danych osobowych pozostawianych w czasie korzystania przeze mnie ze strony internetowej Laboratoria.net w celach marketingowych, w tym na profilowanie i w celach analitycznych.

Kto będzie administratorem Twoich danych?

Administratorami Twoich danych będziemy my: Portal Laboratoria.net z siedzibą w Krakowie (Grupa INTS ul. Czerwone Maki 55/25 30-392 Kraków).

O jakich danych mówimy?

Chodzi o dane osobowe, które są zbierane w ramach korzystania przez Ciebie z naszych usług w tym zapisywanych w plikach cookies.

Dlaczego chcemy przetwarzać Twoje dane?

Przetwarzamy te dane w celach opisanych w polityce prywatności, między innymi aby:

Komu możemy przekazać dane?

Zgodnie z obowiązującym prawem Twoje dane możemy przekazywać podmiotom przetwarzającym je na nasze zlecenie, np. agencjom marketingowym, podwykonawcom naszych usług oraz podmiotom uprawnionym do uzyskania danych na podstawie obowiązującego prawa np. sądom lub organom ścigania – oczywiście tylko gdy wystąpią z żądaniem w oparciu o stosowną podstawę prawną.

Jakie masz prawa w stosunku do Twoich danych?

Masz między innymi prawo do żądania dostępu do danych, sprostowania, usunięcia lub ograniczenia ich przetwarzania. Możesz także wycofać zgodę na przetwarzanie danych osobowych, zgłosić sprzeciw oraz skorzystać z innych praw.

Jakie są podstawy prawne przetwarzania Twoich danych?

Każde przetwarzanie Twoich danych musi być oparte na właściwej, zgodnej z obowiązującymi przepisami, podstawie prawnej. Podstawą prawną przetwarzania Twoich danych w celu świadczenia usług, w tym dopasowywania ich do Twoich zainteresowań, analizowania ich i udoskonalania oraz zapewniania ich bezpieczeństwa jest niezbędność do wykonania umów o ich świadczenie (tymi umowami są zazwyczaj regulaminy lub podobne dokumenty dostępne w usługach, z których korzystasz). Taką podstawą prawną dla pomiarów statystycznych i marketingu własnego administratorów jest tzw. uzasadniony interes administratora. Przetwarzanie Twoich danych w celach marketingowych podmiotów trzecich będzie odbywać się na podstawie Twojej dobrowolnej zgody.

Dlatego też proszę zaznacz przycisk "zgadzam się" jeżeli zgadzasz się na przetwarzanie Twoich danych osobowych zbieranych w ramach korzystania przez ze mnie z portalu *Laboratoria.net, udostępnianych zarówno w wersji "desktop", jak i "mobile", w tym także zbieranych w tzw. plikach cookies. Wyrażenie zgody jest dobrowolne i możesz ją w dowolnym momencie wycofać.
 
Więcej w naszej POLITYCE PRYWATNOŚCI
 

Newsletter

Zawsze aktualne informacje