Blue Gene – superkomputer firmy IBM odkrywa nowatorki sposób badania interakcji. Naukowcy wykorzystali modelowanie komputerowe w celu wykonania precyzyjnej symulacji wpływu leku na zahamowanie enzymu stymulującego rozwój komórek rakowych na poziomie interakcji kwantowo-mechanicznej. Mają oni nadzieję, że dzięki swojej pracy odkryją sposób na blokowanie wszystkich białek z klasy powodującej nowotwory, bez tak wielu efektów ubocznych, które wywoływane są przez obecne leki.Badanie, opublikowane pewien czas temu na łamach „Proceedings of the National Academy of Sciences”, stanowi jeden z wielu przykładów zastosowania komputerów w tworzeniu modelu interakcji leków z biologicznymi celami. Naukowcy mają nadzieję, że analiza rezultatów zastosowania leku atom po atomie pomoże ulepszyć jego mieszankę lub też nawet opracować całkowicie nowy środek.
Lek, który wykorzystano w badaniach to nanocząstka: 82 atomy węgla ułożone w kształcie tzw. piłki Bucky'ego, w której zamknięty jest pojedynczy atom metalu ciężkiego zwanego gadolinem. Początkowo używany jako środek kontrastowy w rezonansie, jednak naukowcy (niektórzy z nich są autorami nowych badań) wykazali, że ma właściwości hamujące przerzuty nowotworów. W nowych badaniach autorzy dowiedli, że dzięki jego cząstce spowolniono rozwój raka trzustki u myszy poprzez zablokowanie enzymów zwanych MMP, które odpowiedzialne są za rekonstrukcję naczyń krwionośnych w celu zapewnienia substancji odżywczych dla nowotworu.
Aby zbadać zmian, które wywołuje jon ciężkiego metalu w nanocząstce i enzymie, naukowcy musieli sprawdzić mechanikę kwantową interakcji. Nie było to możeliwe bez superkomputera — w tym przypadku był to Blue Gene firmy IBM. „Takie obliczenia są bardzo skomplikowane”, przyznaje Ruhong Zhou, biofizyk z Watsaon Reserach Center IBM i główny autor badań. „Trzeba mieć ogromne moce przerobowe”.
Źródło: www.nanonet.pl
