Akceptuję
W ramach naszej witryny stosujemy pliki cookies w celu świadczenia państwu usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczone w Państwa urządzeniu końcowym. Możecie Państwo dokonać w każdym czasie zmiany ustawień dotyczących cookies. Więcej szczegółów w naszej Polityce Prywatności

Zamknij X
Labro glowna
Strona główna › Nowe technologie
Firmy i laboratoria w Polsce
Katalog firm i laboratoriów Dodaj firmę
Katalog produktów i usług
Dodaj produkt Katalog produktów
Dodatkowy u góry
Labro na dole

Nowe narzędzie do badania komórek w 3D




Naukowcy mogą już badać wirusy, bakterie i składniki ludzkiego ciała w większych niż dotychczas detalach dzięki oprogramowaniu stworzonym przez The Scripps Research Institute (TSRI).

W badaniach opublikowanych online 1 grudnia przez czasopismo Nature Methods ("cellPACK: a virtual mesoscope to model and visualize structural systems biology"), badacze zademonstrowali sposób, w jaki oprogramowanie zwane cellPACK może być wykorzystane do modelowania wirusów takich jak HIV.
“Naszym celem jest zwiększenie szans na zwalczenie każdej choroby”, mówi Art Olson- profesor i kierownik do spraw badań w TSRI, który jest jednocześnie współautorem badań.


 
Nowe oprogramowanie generuje edytowalne modele struktur biologicznych takich jak wirus HIV. (Obraz stworzony przez Grahama Johnsona i Ludovica Autina z TSRI).

Testowanie cellPACK

Program cellPACK stanowi rozwiązanie jednego z głównych problemów w biologii strukturalnej. Pomimo, że naukowcy stworzyli już techniki do badania stosunkowo dużych struktur takich jak komórki oraz bardzo małych struktur, na przykład protein, to ciężko było je zwizualizować w średniej skali.

Przy pomocy cellPACK mogą oni szybko i efektywnie przetwarzać dane zebrane z małych struktur i tworzyć modele średnioskalowe. Poprzednio musieli dokonywać tego ręcznie, co zajmowało tygodnie lub nawet miesiące, a w przypadku cellPACK zabiera nie więcej niż kilka godzin.

Jako demonstrację potęgi nowego narzędzia, autorzy badań stworzyli model HIV pokazujący rozmieszczenie zewnętrznych protein na powierzchni niedojrzałego wirusa.

Nowy model zakwestionował dotychczasową hipotezę naukowców badających tę strukturę przy użyciu mikroskopów dużej rozdzielczości, która orzekała, że rozmieszczenie protein na powierzchni jest losowe. Przy użyciu cellPACK do generowania tysięcy modeli i testowania hipotez alternatywnych, badacze odkryli, że rozkład ten nie jest losowy. „Pokazaliśmy, że uprzednia interpretacja dystrybucji nie pasowała do hipotezy”, mówi Olson.

Praca grupowa

Pomysł na oprogramowanie cellPACK pochodzi z pracy dyplomowej studenta TSRI Grahama Johnsona, obecnie pracownika QB3 na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Francisco (UCSF), który nadal wnosi swój wkład w projekt. Johnson posiada ponad piętnastoletnie doświadczenie jako ilustrator medyczny  i chciał znaleźć prosty sposób na tworzenie wizualizacji średnioskalowych różnych struktur. cellPACK jest bardziej rozwiniętą wersją programu Johnsona autoPACK, który wyznacza gęstość materiałów (poczynając od betonu a kończąc na czerwonych krwinkach tętniczych).

Badacze traktują cellPACK jako efekt wspólnych wysiłków i nadali obu programom licencję open source. Tysiące ludzi pobrało już oprogramowanie ze strony http://www.autopack.org.

“Tworząc cellPACK, doktor Olson i jego koledzy stanęli naprzeciw wyzwaniu polegającemu na integrowaniu danych biologicznych z różnych źródeł i skal oraz zamienianiu ich w wirtualne modele, mogące symulować istotne molekularne interakcje wewnątrzkomórkowe”, mówi doktor Veersamy Ravichandran z National Institutes of Health's National Institute of General Medical Sciences. placówki częściowo finansującej projekt. “To przyjazne użytkownikom narzędzie stanowi nową platformę do analizy danych i tworzenia symulacji w sposób sprzyjający współpracy między różnymi laboratoriami.”

Obecnie naukowcy z różnych środowisk zapowiadają, że będą ulepszać oprogramowanie, aby modelować nowe kształty. ”Licencja open source tylko czyni program bardziej potężnym”, mówi Olson, ”to z pewnością narzędzie przyszłości”, dodaje.

Źródło: http://www.nanowerk.com/news2/biotech/newsid=38279.php


Tagi: oprogramowanie, badania, komorka, 3D
Drukuj PDF
wstecz Podziel się ze znajomymi

Informacje dnia: Zawał już dawno przestał być chorobą mężczyzn Świąteczna apteczka Radioaktywny pluton się nie ukryje Złoty Medal Chemii przyznany po raz 14 Polacy są umiarkowanie prospołeczni Związek między traumą z dzieciństwa a zespołem jelita drażliwego Zawał już dawno przestał być chorobą mężczyzn Świąteczna apteczka Radioaktywny pluton się nie ukryje Złoty Medal Chemii przyznany po raz 14 Polacy są umiarkowanie prospołeczni Związek między traumą z dzieciństwa a zespołem jelita drażliwego Zawał już dawno przestał być chorobą mężczyzn Świąteczna apteczka Radioaktywny pluton się nie ukryje Złoty Medal Chemii przyznany po raz 14 Polacy są umiarkowanie prospołeczni Związek między traumą z dzieciństwa a zespołem jelita drażliwego

Partnerzy

GoldenLine Fundacja Kobiety Nauki Job24 Obywatele Nauki NeuroSkoki Portal MaterialyInzynierskie.pl Uni Gdansk MULTITRAIN I MULTITRAIN II Nauki przyrodnicze KOŁO INZYNIERÓW PB ICHF PAN FUNDACJA JWP NEURONAUKA Mlodym Okiem Polski Instytut Rozwoju Biznesu Analityka Nauka w Polsce CITTRU - Centrum Innowacji, Transferu Technologii i Rozwoju Uniwersytetu Akademia PAN Chemia i Biznes Farmacom Świat Chemii Forum Akademickie Biotechnologia     Bioszkolenia Geodezja Instytut Lotnictwa EuroLab

Szanowny Czytelniku!

 
25 maja 2018 roku zacznie obowiązywać Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r (RODO). Potrzebujemy Twojej zgody na przetwarzanie Twoich danych osobowych przechowywanych w plikach cookies. Poniżej znajdziesz pełny zakres informacji na ten temat.
 
Zgadzam się na przechowywanie na urządzeniu, z którego korzystam tzw. plików cookies oraz na przetwarzanie moich danych osobowych pozostawianych w czasie korzystania przeze mnie ze strony internetowej Laboratoria.net w celach marketingowych, w tym na profilowanie i w celach analitycznych.

Kto będzie administratorem Twoich danych?

Administratorami Twoich danych będziemy my: Portal Laboratoria.net z siedzibą w Krakowie (Grupa INTS ul. Czerwone Maki 55/25 30-392 Kraków).

O jakich danych mówimy?

Chodzi o dane osobowe, które są zbierane w ramach korzystania przez Ciebie z naszych usług w tym zapisywanych w plikach cookies.

Dlaczego chcemy przetwarzać Twoje dane?

Przetwarzamy te dane w celach opisanych w polityce prywatności, między innymi aby:

Komu możemy przekazać dane?

Zgodnie z obowiązującym prawem Twoje dane możemy przekazywać podmiotom przetwarzającym je na nasze zlecenie, np. agencjom marketingowym, podwykonawcom naszych usług oraz podmiotom uprawnionym do uzyskania danych na podstawie obowiązującego prawa np. sądom lub organom ścigania – oczywiście tylko gdy wystąpią z żądaniem w oparciu o stosowną podstawę prawną.

Jakie masz prawa w stosunku do Twoich danych?

Masz między innymi prawo do żądania dostępu do danych, sprostowania, usunięcia lub ograniczenia ich przetwarzania. Możesz także wycofać zgodę na przetwarzanie danych osobowych, zgłosić sprzeciw oraz skorzystać z innych praw.

Jakie są podstawy prawne przetwarzania Twoich danych?

Każde przetwarzanie Twoich danych musi być oparte na właściwej, zgodnej z obowiązującymi przepisami, podstawie prawnej. Podstawą prawną przetwarzania Twoich danych w celu świadczenia usług, w tym dopasowywania ich do Twoich zainteresowań, analizowania ich i udoskonalania oraz zapewniania ich bezpieczeństwa jest niezbędność do wykonania umów o ich świadczenie (tymi umowami są zazwyczaj regulaminy lub podobne dokumenty dostępne w usługach, z których korzystasz). Taką podstawą prawną dla pomiarów statystycznych i marketingu własnego administratorów jest tzw. uzasadniony interes administratora. Przetwarzanie Twoich danych w celach marketingowych podmiotów trzecich będzie odbywać się na podstawie Twojej dobrowolnej zgody.

Dlatego też proszę zaznacz przycisk "zgadzam się" jeżeli zgadzasz się na przetwarzanie Twoich danych osobowych zbieranych w ramach korzystania przez ze mnie z portalu *Laboratoria.net, udostępnianych zarówno w wersji "desktop", jak i "mobile", w tym także zbieranych w tzw. plikach cookies. Wyrażenie zgody jest dobrowolne i możesz ją w dowolnym momencie wycofać.
 
Więcej w naszej POLITYCE PRYWATNOŚCI
 

Newsletter

Zawsze aktualne informacje