Jelito cienkie jest najdłuższą częścią układu pokarmowego- osiąga długość 5-6 metrów i średnicę ok. 3 cm.  Wewnętrzna powierzchnia jelita jest silnie pofałdowana i pokryta kosmkami, te z kolei dzielą się dalej na mikrokosmki. Ściana wewnętrzna jest też silnie unaczyniona. W jelicie cienkim zachodzą końcowe procesy trawienia i przede wszystkim- wchłanianie substancji odżywczych i transportowanie ich wraz z krwią do wszystkich komórek organizmu. Z jelita cienkiego masa pokarmowa trafi do jelita grubego, gdzie zachodzą końcowe procesy jej przetwarzania czyli formowanie kału, wchłanianie wody, elektrolitów i soli mineralnych. W całym tym procesie dużą rolę odgrywają też inne narządy jak wątroba i trzustka, które wytwarzają niezbędne enzymy, hormony, a także biorą udział w gospodarowaniu pozyskanymi składnikami odżywczymi.

Układ pokarmowy jest regulowany przez hormony i układ nerwowy. Rozciąganie ścian żołądka pod naciskiem pokarmu pobudza wydzielanie gastryny, a ta- pepsynogenu. On z kolei w kontakcie z kwasem żołądkowym zamienia się w pepsynę. W czasie trawienia w jelicie cienkim produkowana jest też cholecystokinina, która pobudza produkcję żółci i soku trzustkowego.

Regulacja nerwowa zaczyna się już w jamie ustnej, gdzie obecność pokarmu wysyła sygnał nerwowy do ślinianek, te zaś rozpoczynają produkcję śliny i amylazy ślinowej. W żołądku rozciągnie jego ścian pobudza zakończenia nerwowe, te zaś przenoszą sygnał do gruczołów wydzielających sok żołądkowy.

Uczucie głodu i sytości kontrolowane jest przez odpowiednie ośrodki  w podwzgórzu. Aktywowane są gdy spada poziom glukozy we krwi, natomiast ich ,,wyłączenie” następuje gdy poziom ten wzrośnie. Co ciekawe na ośrodek sytości może wpływać również adrenalina, która powoduje wzrost poziomu glukozy we krwi (np. w sytuacjach stresowych).

Bakterie układu pokarmowego

Błony śluzowe przewodu pokarmowego są w stałym kontakcie z różnymi czynnikami wnikającymi z pożywienia, pełnią więc zasadniczą rolę w utrzymaniu właściwej obrony naszego organizmu. Dochodzi tu do bezpośredniego kontaktu komórek układu immunologicznego z antygenami pochodzenia zewnętrznego (np. bakteriami, składnikami pożywienia), co pozwala na ciągłe doskonalenie tzw. pamięci immunologicznej. Na powierzchni błon śluzowych układu pokarmowego żyje korzystna dla człowieka jelitowa flora bakterii komensalnych i probiotycznych, która żyje w symbiozie i ma pozytywny wpływ na organizm gospodarza. Przewód pokarmowy człowieka jest niemal idealnym do zamieszkania środowiskiem dla różnorodnych mikroorganizmów tworzących mikroflorę. Zasiedlają przewód pokarmowy od chwili urodzenia, lecz flora ta rozwija się stopniowo wraz z poznawaniem nowych pokarmów.

Układ pokarmowy płodu jest jałowy, do zasiedlania dochodzi natychmiast po narodzeniu, wśród pierwszych bakterii dominują te typu Escherichia coli zdolne do wzrostu w warunkach tlenowych. Skład pierwotnej mikroflory jest uzależniony od rodzaju porodu. W przypadku porodu siłami natury, pierwsze mikroorganizmy, które dostają się do przewodu pokarmowego noworodka pochodzą z dróg rodnych matki- są to głównie beztlenowce. W przypadku dziecka urodzonego za pomocą cesarskiego cięcia, jego flora bakteryjna pozbawiona jest bakterii beztlenowych, dominują w niej mikroorganizmy aerofilne, anaeroby i sporulujące bakterie np. Clostridium, następnie pojawiają się bakterie Lactobacillus. Liczba mikroorganizmów w przewodzie pokarmowym noworodka wzrasta szybko podczas pierwszego tygodnia życia. Dominują w tym okresie bakterie z rodzaju:

·Staphylococcus (S. aureus, S. epidermidis)

·Streptococcus (S. fecalis, S. faecium)

·Streptococcus

·Enterobacteriaceae (Escherichia coli, Klebsiella aerogenes, Proteus mirabilis, Enterobacter cloacae, Serratia sp.)

·Pseudomonas aeruginosa

·W pierwszych dwóch dniach życia: Clostridium perfringens, rzadziej C. paraputrificum, C. tertium, C. cochlearum, C. difficile, C. acetobutylicum, C. butyricum.

·Następnie pojawiają się szczepy: Bifidobacterium (B. bifidum, B. infantis, B. longum, B. adolescentis, B. breve)

Innymi dominującymi szczepami są:

·Eubacterium (E. lentum, E. aerofaciens, E. limosum, E. rectale, E. contortum)

·Propionibacterium (P. acnes)

·Lactobacillus (L. acidophilus, L. salivarius, L. fermentum)

·Peptostreptococcus (P. intermedius, P. productus)

·Peptococcus (P. asaccharolyticus)

·Veillonella (V. parvula, V. alcalescens)

·Fusobacterium (F. novum, F. varium, F. prausnitzii, F. mortiferum)