Skład mikroflory noworodka zależy od sposobu jego karmienia i środowiska, w którym przebywa. U niemowląt karmionych piersią tempo zasiedlania przez nowe bakterie jest znacznie szybsze- do przewodu pokarmowego noworodka dostają się mikroorganizmy ze skóry i mleka matki. Mleko zawiera niewielką liczbę niepatogennych bakterii z rodzajów: Streptococcus, Micrococcus, Lactobacillus, Staphylococcus, Diphteroides i Bifidobacterium. Badania pokazują, że dzieci karmione piersią mają więcej bifidobakterii w swoim układzie pokarmowym, ale co ciekawe, ogólna flora jelitowa noworodków karmionych piersią jest uboższa, niż dzieci karmionych mlekiem modyfikowanym. Ponadto noworodki urodzone w krajach rozwijających się mają bardziej zróżnicowaną mikroflorę jelitową od noworodków z krajów Europy Zachodniej. W jelicie tych noworodków wcześniej pojawiają się bakterie z rodziny Enterobacteriaceae. Skład mikroflory dziecka przypomina florę jelitową zdrowego, dorosłego człowieka w okresie około 2 roku życia.

Przewód pokarmowy dorosłego człowieka jest zasiedlony przez ponad 1000 różnego rodzaju bakterii (10 razy więcej, niż całkowita liczba komórek tworzących organizm człowieka). Reprezentują one około 500 szczepów, należących z kolei do 40–50 rodzin (większości z nich nie można wyhodować w warunkach laboratoryjnych).

Ze względu na różnice w budowie, funkcjach i panujących czynnikach fizyczno- chemicznych w poszczególnych odcinkach przewodu pokarmowego, zróżnicowana jest ich flora bakteryjna. Skład może też zależeć od wieku, rodzaju diety czy stanu zdrowia gospodarza. W żołądku znajduje się względnie mało bakterii, co jest spowodowane panującymi tam warunkami (niskie pH treści żołądkowej, obecność soli kwasów żołądkowych, szybki przepływ trawionych substancji). Gęstość populacji bakterii wzrasta w miarę przesuwania się pokarmu w kierunku jelita cienkiego- 103 komórek/ml treści jelitowej w dwunastnicy, 108 komórek/ml w krętnicy, 1011–1012 komórek w okrężnicy.

Najbardziej pożądane dla zdrowia człowieka gatunki bakterii to te, które mają zdolność do syntezy enzymów trawiennych, oraz te tworzące tzw. pożyteczne środowisko (mają zdolność obrony przed bakteriofagami i łagodzenia ostrych reakcji układu immunologicznego). Mikroorganizmy bytujące w układzie pokarmowym człowieka wykazują dużą zmienność pod względem genetycznym. Umożliwia im to przetrwanie w zmieniającym się środowisku i adaptację do nowych warunków, szybki wzrost oraz łączenie się ze ścianami jelita (dzieki temu mogą uniknąć wypłukania z organizmu).

Większość bakterii żyjących w jamie ustnej jest nieszkodliwa, ale niektóre są przyczyną np. paradontozy, próchnicy, powstawania kamienia nazębnego. W 1 ml śliny możemy znaleźć aż 10 mld drobnoustrojów. Płytka nazębna jest częściowo zbudowana z bakterii- tworzą na niej warstwę grubości 300–500 tych mikrobów. W jamie ustnej żyją m.in. Streptococcus mutans i Streptococcus sanguis. Jeśli jemy dużo produktów zawierających cukry, bakterie te intensywnie się rozmnażają.Umiejscawiają się głównie w przestrzeniach między zębami, gdzie produkują kwasy  niszczące powierzchnię zębów.

Do najliczniejszego rodzaju bakterii układu pokarmowego należą te z gatunku Bacteroide sp. Stanowią one nawet 25% całej flory bakteryjnej. Są to Gram-ujemne pałeczki należące do bezwzględnych beztlenowców. Na ogół nie sprawiają gospodarzowi problemu, jednak w przypadku wydostania się poza przewód pokarmowy mogą spowodować różne infekcje (np. bakteriemię, ropnie). Bacteroide  mają bardzo dobrze wykształcony mechanizm oporności na antybiotyki i odznaczają się najwyższym wskaźnikiem odporności spośród wszystkich beztlenowców.

Do kolejnej grupy bakterii zasiedlających jelita należą Bifidobacterium sp. Odgrywają kluczową rolę w rozwoju układu odpornościowego jelit i ważne jest by kolonizacja tych bakterii nastąpiła w pierwszych 10 dniach życia. U niemowląt karmionych piersią ich liczba stanowi 90% wszystkich drobnoustrojów zasiedlających jelita. Obecność tych drobnoustrojów korzystnie wpływa na przebieg różnych chorób (np. biegunkę związaną z rotawirusami, choroby zapalne jelit, martwicze zapalenie jelit, alergie). Bifidobacterium sp. Wytwarzają kwas mlekowy i octowy- wykazują one silne działanie bakteriobójcze, przez co zmniejszają populację mikroorganizmów chorobotwórczych. Wysoki poziom bifidobakterii w jelicie przyczynia się do ogólnego zdrowia człowieka. Bardzo często stosuje się je jako probiotyki.